Un dimanche matin de février 2021, les enfants de Dave Duffy lui ont dit qu'ils venaient de voir un lynx roux à travers la fenêtre de leur maison près du Whitney Laboratory for Marine Bioscience de l'Université de Floride, à l'extérieur de St. Augustine, en Floride. Ils savaient que leur père voudrait le savoir, car ils l'avaient aidé à de nombreuses reprises à prélever des échantillons de traces d'animaux dans l'espoir d'étudier les créatures qui les avaient quittés.
Initialement sceptique – les lynx roux sont rarement aperçus pendant la journée en plein air – Duffy est finalement allé vérifier et les voilà : six empreintes claires de lynx roux dans le sol sablonneux. Avec l'aide de ses enfants, il a récupéré de petits échantillons de sol sur les empreintes et les a rangés pour plus tard.
Dans leurs dernières recherches, Duffy et son équipe ont montré qu’ils pouvaient facilement récupérer l’ADN du lynx roux à partir de traces fortuites. En collaboration avec le zoo et les jardins de Jacksonville, ils ont également montré que l'ADN récupéré des empreintes de pattes de lynx roux pouvait être utilisé pour déterminer les antécédents ancestraux des animaux et même identifier leur communauté microbienne unique. Tout cela à partir de l’ADN errant laissé longtemps après que l’animal a quitté la zone.
Ce type d'informations peut aider les scientifiques à conserver des espèces rares ou menacées, même celles, comme les lynx roux, qui sont généralement difficiles à suivre.
« Les lynx roux, comme beaucoup d'autres espèces, connaissent des changements dans leur aire de répartition, principalement à cause des humains », a déclaré Duffy, professeur au Whitney Lab, qui a noté que le laboratoire lui-même a empiété sur l'aire de répartition des lynx roux indigènes, tout comme tout développement dans le la région a. « Être capable de savoir où ils se trouvent, quels habitats ils utilisent et dans quelles zones ils se trouvent peut contribuer à une meilleure gestion. »
Duffy et l'équipe de chercheurs de l'UF ont rapporté leurs découvertes en novembre dans la revue Conservation biologique. Ce n'est que le dernier résultat d'une équipe qui a perfectionné les méthodes d'étude de l'ADN environnemental, ou ADNe, les détritus génétiques laissés par tous les êtres vivants lorsqu'ils se déplacent à travers le monde. Le séquençage de cet ADNe peut aider à protéger la faune sauvage comme les tortues de mer ou même à étudier les populations humaines de villes entières utilisant leurs eaux usées.
Parce que les chercheurs ont pu séquencer tout l’ADN de l’échantillon, ils ont également récupéré des informations sur la communauté microbienne associée au lynx roux. Puisque ces microbes peuvent influencer directement la santé d’un animal, comprendre la communauté peut donner aux écologistes encore plus de connaissances sur les populations sauvages qu’ils étudient.
« À mesure que les espèces deviennent en voie de disparition ou réagissent au changement climatique, leur aire de répartition peut changer, tout comme la répartition des agents pathogènes. Si vous pouvez récupérer des informations sur les microbes associés à l'espèce qui vous intéresse, vous pouvez évaluer s'il s'agit de microbes avec un résultat positif. » avantages ou agents pathogènes nuisibles », a déclaré Duffy. « Vous pourrez peut-être savoir si une population sauvage est en bonne santé ou non, sans avoir à voir ou à interagir avec des animaux individuels. »
L'approfondissement de la recherche n'a été possible que grâce à une collaboration avec le zoo et les jardins de Jacksonville. Les gardiens de zoo ont donné accès à l'enclos de leur lynx roux, ce qui a permis à l'équipe de Duffy de calibrer et de confirmer leurs techniques pour les empreintes de lynx roux sauvages. Ils ont également montré qu'Abby, le lynx roux du zoo, qui avait été confisqué comme animal de compagnie illégal, provenait probablement d'une population du sud des États-Unis, car son ADN ressemblait à celui des lynx roux de la région du Texas.
« Bien que vous puissiez faire des analyses intéressantes avec un seul ensemble d'échantillons sauvages, il vous en faut vraiment plus pour tester ces choses de manière rigoureuse. Sans nos collaborateurs du zoo de Jacksonville, nous n'aurions eu qu'un seul ensemble d'échantillons. pour tester ces techniques », a déclaré Duffy.
Les chercheurs ont également démontré qu'ils pouvaient faire la distinction entre les échantillons de lynx roux et ceux du lynx du Canada, étroitement apparenté. Étant donné que les aires de répartition des lynx roux et du lynx se chevauchent dans le nord des États-Unis, disposer de méthodes permettant de distinguer une espèce d'une autre pourrait aider les scientifiques à analyser les espèces séparément, ce qui pourrait être impossible en s'appuyant uniquement sur les traces.
Dans une autre étude récente, les échantillons d'empreintes de lynx roux ont aidé les scientifiques à montrer que l'ADNe persiste pendant des durées différentes dans l'environnement en fonction de son origine dans la cellule. Ces résultats aideront les scientifiques à interpréter plus attentivement les résultats de l’eDNA à l’avenir.
« Étant donné que ces techniques d'ADNe sont non invasives, vous n'avez pas besoin de vous immiscer dans les espèces que vous étudiez », a déclaré Duffy. « Cela les rend vraiment bénéfiques pour les scientifiques qui étudient les espèces menacées et pour les espèces elles-mêmes. »
