Les infections fongiques mondiales, qui touchent un milliard de personnes et provoquent 1,5 million de décès chaque année, sont en augmentation en raison du nombre croissant de traitements médicaux qui accroissent la vulnérabilité. Les patients subissant une chimiothérapie ou des traitements immunosuppresseurs après une transplantation d'organe présentent souvent un système immunitaire affaibli. Compte tenu de l’émergence de souches résistantes, de la Crumpa limitée des médicaments antifongiques actuels ainsi que de leur coût et de leurs effets secondaires, le traitement de ces infections est difficile et nécessite de toute urgence des traitements plus efficaces.
Dans ce contexte, une équipe de l'Institut de recherche en biomédecine (IRB Barcelone) et du Barcelona Supercomputing Center — Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS), dirigée par le chercheur de l'ICREA, le Dr Toni Gabaldón, a identifié des centaines de gènes sujets à une sélection récente et cliniquement pertinente chez six espèces du pathogène fongique Candidose.
« Ce travail met en évidence comment ces agents pathogènes se sont adaptés aux humains et aux médicaments antifongiques et fournit des connaissances précieuses qui pourraient conduire à de meilleurs traitements pour Candidose infections », explique le Dr Gabaldón, chef du laboratoire de génomique comparée à l'IRB Barcelone et au BSC.
Plus de 2 000 génomes de 6 espèces différentes
L'étude se penche sur le paysage évolutif des agents pathogènes de Candida en analysant environ 2 000 génomes provenant d'échantillons cliniques de six espèces majeures de Candida. Ces génomes sont stockés dans des bases de données publiques. Les chercheurs ont comparé ces génomes à une référence, créant ainsi un catalogue complet de variantes génétiques.
S'appuyant sur des travaux antérieurs portant sur les souches résistantes aux médicaments, les chercheurs ont mené une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) pour identifier les variantes génétiques liées à la résistance aux médicaments antifongiques dans les isolats cliniques. Cette approche a permis de mieux comprendre les mécanismes connus et nouveaux de résistance à sept médicaments antifongiques chez trois espèces de Candida. « De plus, une découverte inquiétante est ressortie de l'étude : la propagation potentielle de la résistance par l'accouplement entre des souches sensibles et résistantes, contribuant à la prévalence d'agents pathogènes Candida résistants aux médicaments », explique le Dr Miquel Àngel Schikora-Tamarit, chercheur postdoctoral à le même laboratoire et premier auteur de l’étude.
De plus, en se concentrant sur les variantes acquises récemment parmi les souches cliniques, les recherches ont détecté des signatures génétiques partagées et spécifiques à l'espèce issues d'une sélection récente qui informent sur les adaptations qui pourraient être nécessaires pour prospérer et se propager dans des environnements liés à l'homme.
Au-delà des nouvelles informations sur l’adaptation de Candida, l’étude fournit une ressource précieuse, à savoir un catalogue complet de variantes, de signatures de sélection et de facteurs de résistance aux médicaments. Ces connaissances contribuent non seulement à notre compréhension de ces infections, mais jettent également les bases de futures expériences et de progrès potentiels dans le développement de traitements plus efficaces contre les infections à Candida.
Ce travail a été financé par le ministère espagnol des Sciences, de l'Innovation et des Universités, le Conseil européen de la recherche et la Fondation « la Caixa ».
