Le réseau international Euglena (EIN), fondé en 2020, est un consortium mondial de centaines de scientifiques du monde entier dont l’objectif collectif est de soutenir la science euglénoïde par le biais d’omiques collaboratives et intégratives entre les universitaires et l’industrie.
L’EIN (https://euglenanetwork.org/) a publié aujourd’hui une prise de position dans Biologie Ouvertexposant les arguments en faveur d’un effort concerté pour générer des génomes de référence de haute qualité pour les quelque 1 000 espèces connues d’euglénoïdes.
Les euglénoïdes font partie du groupe des protistes, qui abritent des organismes eucaryotes qui ne rentrent pas dans les groupes d’animaux, de plantes ou de champignons. Ces divers organismes unicellulaires se trouvent dans une gamme exceptionnellement large d’écosystèmes à travers le monde.
Plusieurs espèces d’euglénoïdes ont des applications translationnelles, très prometteuses dans la production de biocarburants, de nutraceutiques, de bioremédiation, de traitements contre le cancer et même en tant que simulateurs de conception robotique.
Leur énorme potentiel a été largement inexploité en raison d’un manque de génomes de référence de haute qualité.
Les génomes euglénoïdes présentent un défi de séquençage particulier car ils sont un exemple d’endosymbiose secondaire – abritant des mitochondries, des chloroplastes et des restes de matériel génétique d’organismes qu’ils ont enveloppés pour acquérir ces organites.
Leur énorme potentiel a été largement inexploité en raison d’un manque de génomes de référence de haute qualité.
Les génomes euglénoïdes présentent un défi de séquençage particulier car ils sont un exemple d’endosymbiose secondaire – abritant des mitochondries, des chloroplastes et des restes de matériel génétique d’organismes qu’ils ont enveloppés pour acquérir ces organites.
En conséquence, moins de 20 espèces ont été explorées à tous les niveaux pour le potentiel de traduction grâce à la génomique. L’EIN estime que le moment est venu de régler ce problème.
En générant des génomes de référence de haute qualité pour les espèces connues d’euglénoïdes, l’EIN travaillera à :
- Comprendre la biologie de base des euglénoïdes
- Comprendre l’évolution des euglénoïdes
- Maximiser les applications des euglénoïdes dans la gestion écologique et environnementale
- Explorer, traduire et commercialiser des produits euglénoïdes
Les données collectées par l’EIN seront librement accessibles à la communauté scientifique via l’European Nucleotide Archive (ENA). Une fois dans ENA, les génomes annotés peuvent être importés dans des ressources telles que Ensembl Protists et présentés de manière uniforme et JUSTE aux communautés de recherche.
Le Dr ThankGod Echezona Ebenezer, présidente fondatrice de l’EIN et bioinformaticienne à l’Institut européen de bioinformatique (EMBL-EBI), au Royaume-Uni, a déclaré : « Le réseau international Euglena jouera un rôle crucial en aidant à rassembler des spécialistes des euglénoïdes afin d’accroître notre compréhension de la biologie des euglénoïdes et ses applications translationnelles. Cela pourrait être utile pour approfondir notre compréhension de l’évolution du parasitisme, des jeux sociaux, du développement des carburéacteurs ou du soutien à l’exploration spatiale humaine.
Le professeur Neil Hall, président du comité scientifique de l’EIN et directeur de l’Institut Earlham, a déclaré : « Il est incroyablement rare de trouver un organisme si polyvalent qu’il joue un rôle potentiel dans la production alimentaire, la génération de biocarburants, l’ingénierie robotique et le développement de médicaments – et là de nombreuses autres applications sont possibles. La production de génomes de référence est la première étape pour comprendre ces organismes remarquables afin que nous puissions réaliser leur potentiel biotechnologique.
Le Dr Masami Nakazawa, membre du comité scientifique de l’EIN et maître de conférences à l’Université métropolitaine d’Osaka, au Japon, a déclaré : « L’EIN a stimulé les collaborations dans la communauté euglénoïde où je suis déjà impliqué dans des projets passionnants concernant le métabolisme énergétique. les euglénoïdes, y compris les informations génomiques, contribueront au bien-être humain grâce à la biotechnologie en plus de la science fondamentale. »
Le Dr Anna Karnkowska, membre du comité scientifique de l’EIN et professeure adjointe à l’Université de Varsovie, en Pologne, a déclaré : « Les caractéristiques génomiques uniques et la présence de plastes secondaires dans les euglénoïdes en font un groupe crucial pour comprendre l’évolution des eucaryotes et de leur endosymbiotique. organites. Les données génomiques sont essentielles pour élucider l’histoire évolutive des euglénoïdes et concevoir des expériences pour explorer davantage leur biologie.
Le Dr Eric W. Linton, membre du comité scientifique de l’EIN, ancien président de la Phycological Society of America (PSA) et professeur à la Central Michigan University, aux États-Unis, a déclaré : « Les informations génomiques dont nous disposons pour les euglénoïdes montrent leur les génomes et les voies biochimiques/métaboliques qui en résultent, dans de nombreux cas, sont constitués de gènes provenant de diverses sources telles que les bactéries, les algues rouges et vertes. Cette chimère d’un génome peut nous donner des informations rares sur l’évolution, l’organisation et la régulation du génome.
Le réseau international Euglena est un réseau affilié au projet Earth BioGenome et à l’International Society of Protistologists.
